000 Arten von Meereslebewesen, darunter Elchhorn- und Hirschhornkorallen, die laut Endangered Species Act als bedroht eingestuft sind, sowie über 1.400 dokumentierte Schiffswracks aus vier Jahrhunderten des maritimen Handels und Konflikts. Die Ausweisung des Schutzgebiets folgte auf jahrzehntelange Schäden durch Anker, Abwassereinleitungen und die unregulierte Ernte von Fechterschnecken und Langusten, wobei die Korallenbedeckung allein zwischen 1984 und 1991 um 44 Prozent zurückging. Der Bundesschutz brachte durchsetzbare Zonen, Bojen an 600 stark frequentierten Stellen und Zonen, in denen das Fischen verboten ist, was heute Fischpopulationen schützt, die für die kommerzielle Fischerei im Golf entscheidend sind.
Key West liegt am westlichsten Rand des Schutzgebiets, wo der Golfstrom bis auf sieben Meilen an die Küste heranreicht und die winterlichen Wassertemperaturen selten unter 21 Grad Celsius fallen. Schnorchelanbieter legen täglich vom Historic Seaport und der Garrison Bight Marina ab und fahren zu flachen Riffen, die zwei bis vier Meilen vor der Küste liegen, wo Elchhornbestände aus Sandflächen in einer Tiefe von 3 bis 6 Metern aufragen. Die Eastern Dry Rocks und Rock Key beherbergen Gehirnkorallenkolonien mit einem Durchmesser von über 3 Metern, von denen einige auf ein Alter von 500 Jahren geschätzt werden, sowie Schwärme von Gelbschwanz-Schnappern, Doktorfischen und Papageienfischen, die Algen von der Riffstruktur abweiden. Schnorcheltouren in Key West beinhalten oft das Western Sambo Ecological Reserve, eine seit 1997 bestehende Schutzzone, in der sich die Zackenbarsch-Biomasse verdreifacht und die Korallenrekrutierungsrate im Vergleich zu angrenzenden Fischereigebieten verdoppelt hat.
Die USS Vandenberg, ein 160 Meter langes Raketenverfolgungsschiff, das 2009 sieben Meilen südlich von Key West versenkt wurde, dient heute als künstliches Riff in 42 Metern Tiefe, obwohl seine Aufbauten bis auf 14 Meter unter die Oberfläche ragen und Schnorchler anlocken, die bereit sind, zu den oberen Decks zu tauchen. Flachere Wrackstellen wie die Cayman Salvage Master, ein Frachter mit Stahlrumpf in 6 Metern Tiefe vor Sand Key, bieten einen einfacheren Zugang und haben innerhalb von zwei Jahrzehnten nach dem Sinken verkrustete Korallengemeinschaften entwickelt. Betreiber von Schnorcheltouren in Key West zu diesen Orten berichten von Sichtungen von Atlantischen Goliath-Zackenbarschen, Ammenhaien und Stechrochen mit Spannweiten von über 1,2 Metern. Das Schutzgebiet verbietet das Ankern an lebenden Korallen, das Sammeln von Meereslebewesen einschließlich leerer Muscheln sowie das Füttern von Fischen, wobei zivilrechtliche Strafen bis zu 100.000 USD pro Verstoß betragen und bei Schäden von über 5.000 USD strafrechtliche Verfolgung möglich ist. Die Wasserklarheit erreicht ihren Höhepunkt zwischen November und April, wenn Kaltfronten Planktonblüten unterdrücken, wobei die horizontale Sicht an ruhigen Tagen oft über 18 Meter beträgt.
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